La persona con responsabilidad técnica del cultivo debe demostrar su competencia en el manejo integrado de plagas y enfermedades, a través de su experiencia, capacitación formal y documentada.
Deben implementarse métodos de cultivo que reduzcan la incidencia e intensidad de ataques de plagas y enfermedades, tales como labores de poda, control de sombrío y buena nutrición.
Es importante realizar monitoreo permanente de la incidencia y severidad de plagas y enfermedades llevando un adecuado manejo de los registros de esta actividad. Con esta información se determina el umbral económico de daño (UED) para así tomar una decisión del uso o no de agroquímicos para la prevención o control de la plaga o enfermedad.
Las plagas y enfermedades que más afectan el cultivo del cacao en Colombia son: Hormiga arriera (Atta spp), Perforador de la mazorca (Carmenta foraseminis), Monalonion (Monalonion spp), Monilia (Moniliophthora roreri), Escoba de bruja (Moniliophthora perniciosa) y Fitóptora (Phytophthora spp).