El proceso de fermentación se debe realizar en infraestructuras elaboradas con maderas blancas, secas, libres de olores y procesos que requieran aplicar químicos, deben estar ubicadas bajo techo y en un espacio cerrado.
Los cajones deben estar levantados del piso 15 a 20 cm, deben tener huecos en el fondo para escurrir los azúcares o baba del cacao y deben tener unas dimensiones máximas de 70 cm de profundidad y de 80 cm de ancho.
Los más comunes por economía son los cajones fermentadores modificados y en escalera y otra alternativa ideal para mezclar el cacao pero es más costosa son los tambores rotatorios.
Los cajones deben contar con un número adecuado de ranuras y orificios de ½ cm de diámetro, para permitir el drenaje de los líquidos. La madera permite que el gradiente de temperatura se conserve durante el día y la noche en el tiempo que requiere ser fermentado en un rango de 50 a 60°C.
Esta infraestructura se debe construir teniendo en cuenta la producción máxima de la finca y el volumen del cajón se calcula multiplicando el total de la producción esperada en el año en Kg por 12,5% constante y luego el factor 0,003 lo que arroja como resultado los m3 necesarios