Estas se encuentran distribuidas a lo largo del tronco y de las ramas, agrupadas en sitios llamados cojines florales. La flor del cacao es caulinar, es decir que se produce a lo largo del tronco, ramas y tallos leñosos. Es una flor hermafrodita que posee 5 estambres verdaderos de color blanco y 5 falsos de color morado, en la parte superior de los estambres blancos se encuentra el polen. La polinización se da en su mayoría por insectos, y su principal polinizador es la llamada Forciphomyia sp. perteneciente al orden de los dípteros.